造血干细胞移植的并发症分成三个部分：
一、预处理期间的并发症：主要是在输注干细胞之前，进行大剂量的放化疗毒副作用，包括心、肝、肾的毒性损伤，消化道症状，口唇溃疡，出血性膀胱炎以及神经系统损伤等。由放化疗引起的骨髓抑制，引起粒细胞减少、血小板减少、感染和出血等；
二、移植后近期的并发症：
1、最常见的是移植物抗宿主病，即输进去的供者淋巴细胞识别到正常受者的细胞，它认为不是自己的，所以对它造成攻击，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。急性移植物抗宿主病通常发生在移植后的早期，也是移植后最主要的并发症，也是最常见的死亡原因之一，常常会累及到皮肤、胃肠道、肝脏，甚至肺部。
2、常见的并发症是感染，因为只要进行大剂量的放化疗，这时候有一段时间的骨髓抑制，会造成患者因为粒细胞缺乏而引起各种各样的感染，包括细菌感染、真菌感染和病毒感染等。
3、常见的移植后并发症是移植物植入失败或者移植物排斥，植入失败通俗地讲是种进去的干细胞没有正常植入，即种进去的种子没有生根发芽。一般28天没有植入，称为原发植入失败，这时要进行二次移植。移植物排斥是移植物种进去，正常植入了以后，一段时间因为各种原因导致移植物被排斥掉，这时原发疾病就会复发，比如白血病会复发，再生障碍性贫血又会恢复到原来的状态，移植物排斥也需要进行重新移植，并且要进行及时处理。
4、复发，特别是白血病移植后有一部分原发疾病会发生复发，这时候需要重新治疗。
5、迟发性出血性膀胱炎，这时候多数是跟病毒感染有关系，表现为尿频、尿急、尿痛或者肉眼血尿，严重时可以出现小便出现血凝块，甚至堵塞尿路。
6、移植后淋巴细胞增殖性疾病，多数跟病毒感染有关系，通常表现为持续性高热、进行性血细胞减少、淋巴结肿大。这时候要进行活检，这种并发症是一种进展比较迅速，病死率比较高的并发症，所以要进行定期的检查及早期的干预治疗。其他还有一些比如移植物功能不良，以及相关的微血管病、肝静脉阻塞综合征等并发症。
