造血干细胞移植的并发症分成三个部分： 一、预处理期间的并发症：主要是在输注干细胞之前，进行大剂量的放化疗毒副作用，包括心、肝、肾的毒性损伤，消化道症状，口唇溃疡，出血性膀胱炎以及神经系统损伤等。由放化疗引起的骨髓抑制，引起粒细胞减少、血小板减少、感染和出血等； 二、移植后近期的并发症： 1、最常见的是移植物抗宿主病，即输进去的供者淋巴细胞识别到正常受者的细胞，它认为不是自己的，所以对它造成攻击，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。急性移植物抗宿主病通常发生在移植后的早期，也是移植后最主